Globalmente a onça-pintada é classificada como “quase ameaçada” (nearly threatened) pela lista vermelha de espécies ameaçadas da IUCN. Atualmente a espécie ainda ocorre em 46% de sua área de distribuição original, que se estendia desde a Argentina até o sudeste dos Estados Unidos. A caça predatória e a alteração do habitat são as principais causas da redução populacional da espécie.
A Amazônia brasileira corresponde à maior extensão de floresta tropical primária contínua ainda existente no planeta e é a única região onde onças-pintadas, que podem chegar a ter áreas de vida de mais de 200 km², ainda são amplamente distribuídas, localmente abundantes e com estrutura e dinâmica populacionais não, ou apenas minimamente, impactadas pelo homem. Regionalmente, a espécie é considerada não ameaçada na Amazônia.
Já no México, a alta densidade populacional humana e intensa fragmentação do habitat reduziram drasticamente as populações de onça-pintada. A espécie é considerada ameaçada de extinção em nível nacional, restando apenas pequenas populações locais com baixo potencial de crescimento, dispersão e viabilidade genética.
A onça-pintada é o maior felídeo das Américas, com comprimento médio do corpo de 133 cm e peso médio de 61 kg. No entanto, e apesar de seu grande porte, é difícil de estudar, especialmente em ambientes florestais tropicais como os amazônicos e meso-americanos. Isso se deve a que as onças são geralmente solitárias, de habitos predominantemente noturnos e muito esquivas em relação à presença humana. Por essa razão, e também devido ao alto custo e dificuldades logísticas associadas à captura e monitoramento de indivíduos de onça, o projeto está baseado em métodos de amostragem não invasivos. Os principais métodos empregados em ambos países são a amostragem por pegadas, a amostragem visual e auditiva de espécies-presa, e a coleta de excrementos de onças para análise molecular.
No Brasil, as amostragens foram realizadas em quatro unidades amostrais padronizadas de 25km2 do Programa de Pesquisa em Biodiversidade – PPBio
As amostragens no Brasil foram realizadas na época seca de 2007/2008 e 2008/2009 no Amazonas e Roraima. Os dados de amostragem de pegadas e de registro de espécies-presa estão sendo analisados. A análise genética dos excrementos está sendo realizada no Laboratório de Ecologia Molecular da EBD, que tem extensa experiência no uso e aprimoramento de técnicas de isolamento e análise de DNA degradado, como o que ocorre em fezes. Os objetivos são os de aperfeiçoar marcadores diagnósticos para as espécies de felinos silvestre da Amazônia central, além do uso de microsatélites para identificação individual.